Os principais eixos de trabalho da Secretaria Municipal de Saúde são: o acesso à assistência para todas as pessoas, com foco na prestação de serviço de modo integral, continuado e baseado em evidências; a articulação entre os componentes da Rede de Atenção à Saúde a partir da regulação do acesso e da integração das informações; e as ações de promoção, prevenção e vigilância à saúde de condições prioritárias e de grupos populacionais em maior condição de vulnerabilidade.

Estão sob responsabilidade da secretaria os serviços de saúde desde a Atenção Primária à Saúde como Postos de Saúde (Unidades de Saúde), os serviços de emergência como os Pronto Atendimentos e SAMU, os hospitais municipais, e a contratualização de serviços terceirizados para atendimento à população Portuense.

Além disso, a secretaria coordena o encaminhamento de pacientes entre os serviços, encaminhamento para exames e para consultas com especialistas ou internações que são feitas em hospitais conveniados.

Também é parte da Secretaria a Coordenação de Vigilância em Saúde, responsável pelo fornecimento de alvarás, pelo controle de doenças transmitidas por animais e pelas fiscalizações realizadas em  estabelecimentos de serviços de saúde, produtos, águas e alimentos.